Nhà Thanh không có một quân đội quốc gia mà tận dụng dân quân và quân đội địa phương thiếu chính quy và thiếu trung thành. Đội quân hùng mạnh nhất là quân Bắc Dương của Viên Thế Khải đóng tại phía bắc được huấn luyện tốt nhất và có trang bị hiện đại. Các sĩ quan trung thành với cấp trên của họ và hình thành những bè phái dựa trên vị trí địa lý. Các đơn vị quân đội tuyển quân ngay tại tỉnh đó. Chính sách này là nhằm giảm sự hiểu nhầm phương ngữ nhưng lại khuyến khích khuynh hướng địa phương hóa.

Cách mạng Tân Hợi năm 1911 đã dẫn đến hàng loạt cuộc nổi dậy trên khắp miền nam Trung Quốc. Những binh sĩ từng trung thành với nhà Thanh bắt đầu đào ngũ sang lực lượng cách mạng. Phiến quân đã thiết lập một chính quyền địa phương tại Nam Kinh năm 1912 do Tôn Dật Tiên đứng đầu. Phe cách mạng không đủ mạng để đánh bại quân Bắc Dương và nếu tiếp tục chiến đấu sẽ gần như chắc chắn dẫn đến thất bại. Thay vào đó, Tôn thỏa thuận với Viên Thế Khải của quân Bắc Dương cùng lật đổ nhà Thanh và tái thống nhất Trung Quốc. Đổi lại, Viên sẽ trở thành tổng thống. Viên từ chối chuyển đến Nam Kinh và đã chọn Bắc Kinh, nơi quyền lực của ông được bảo đảm, làm thủ đô.

Phản đối việc Viên Thế Khải ngày càng độc đoán, các tỉnh miền nam đã dấy loạn năm 1913 nhưng bị quân Bắc Dương đàn áp mạnh tay. Các quan chức dân sự bị thay thế bởi các sĩ quan quân đội. Tháng 12 năm 1915, Viên thực hiện mục đích từ lâu của mình là trở thành Hoàng đế Trung Hoa. Các tỉnh phương nam lại nổi dậy một lần nữa và lần này nghiêm trọng nhất do hầu hết các tướng lĩnh Bắc Dương đã bỏ rơi Viên. Viên đã từ bỏ ngôi vị để thu phục lại tùy tướng của mình nhưng trước khi ông qua đời tháng 6 năm 1916, chính trị Trung Quốc lại lục đục. Chia rẽ Bắc-Nam còn tiếp diễn trong suốt thời kỳ quân phiệt.